La SOGARA a vu le jour en novembre 1964, sous le nom de Société Équatoriale de Raffinage (SER). Cette initiative ambitieuse est le fruit d’une collaboration visionnaire entre cinq États d’Afrique Centrale — le Gabon, le Cameroun, la République Centrafricaine, la République du Congo et le Tchad — qui partageaient une volonté commune de créer une infrastructure régionale de raffinage pour répondre aux besoins énergétiques croissants de leurs populations.

L’entreprise a été officiellement installée à Port-Gentil en 1967, marquant une étape majeure dans le développement industriel du Gabon. Cette localisation stratégique, au cœur de la capitale économique du pays, a permis à la raffinerie de jouer un rôle central dans l’approvisionnement en produits pétroliers de toute la région.

En 1973, les États partenaires du Gabon ont pris la décision de se retirer du projet afin de développer leurs propres industries de raffinage concurrentes. Ce retrait a conduit le Gabon à racheter l’intégralité des parts détenues par ces partenaires, assurant ainsi la pleine souveraineté nationale sur l’entreprise. À cette occasion, la SER a été rebaptisée Société Gabonaise de Raffinage (SOGARA), marquant une nouvelle ère d’indépendance et de renforcement de la capacité industrielle nationale. 

Par la suite, le groupe Total est devenu un partenaire clé de la République Gabonaise, contribuant par un montage financier et technique à la modernisation et à l’expansion de la raffinerie. Cette collaboration a joué un rôle déterminant dans la consolidation des capacités de production de la SOGARA et dans l’amélioration de ses performances technologiques. Cette initiative visait à renforcer les synergies au sein du secteur pétrolier gabonais, en optimisant la chaîne de valeur énergétique.